新世紀福音戰士新劇場版：馬拉松作戰計劃

新世紀福音戰士新劇場版：序
受到第二次衝擊的創傷之後，第4使徒攻擊了第3新東京市，人類的命運被交付到特務機關NERV手中。少年碇真嗣被迫駕駛EVA初號機，他和零號機駕駛員綾波麗一起負責作戰，但是EVA初號機受到第6使徒的破壞。葛城美里制定了一個計畫，將日本所有電力集中至EVA初號機的陽電子砲來擊敗使徒。
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新世紀福音戰士新劇場版：破
真希波‧真理‧伊盧崔亞斯駕駛EVA假設5號機，擊敗了被挖掘出的第3使徒；式波．明日香．蘭格雷駕駛EVA 2號機摧毀第7使徒；第8使徒出現後襲擊了NERV總部。EVA 3號機在測試過程中被第9使徒劫持，真嗣被派出去進行攔截，卻得知明日香在插入拴內。碇源堂將EVA初號機轉由模擬系統操控，開始迎擊EVA 3號機。
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新世紀福音戰士新劇場版：Ｑ
14年後，真嗣在戰艦AAA Wunder奇跡號醒來。AAA Wunder奇跡號隸屬於前NERV成員建立的反NERV組織WILLE。真嗣聽到被派去營救他的EVA Mark.09傳來阿麗的聲音，於是離開奇跡號前往NERV。渚薰讓真嗣看到了地球的轉變，他得知自己為了營救阿麗的舉動，引發了近第三次衝擊，對地球造成巨大的破壞。
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新世紀福音戰士新劇場版：終
美里以及她的反NERV組織WILLE來到巴黎，這裡被核心染成紅色，AAA Wunder奇跡號的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。NERV的福音戰士群出現時，真希波的EVA改8號機進行攔截。與此同時，真嗣、明日香和麗（暫稱）在日本的土地上徘徊。
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